Дубоссарская ГЭС удерживает катастрофические паводки, вырабатывает электроэнергию и снабжает ею многие регионы.
Вместе с тем ухудшилось естественное природное состояние Днестровских плавней, снизилась численность животного мира Днестра в условиях отсутствия достаточного количества свежей проточной воды, имеет место загнивание и гибель водно-болотных угодий, плотина ГЭС преградила путь миграции рыбы. Нарушение природного гидрологического режима и отсутствие паводка в низовьях Днестра приводит к разрушению естественной биологической системы.
Стабилизация обстановки может быть достигнута путем: проведения экологического попуска на реке Днестр, сбалансированного водопользования по водопотребителям, научно-обоснованного осуществления хозяйственной деятельности в бассейне реки, бережного использования природных ресурсов, сохранения биологического и ландшафтного разнообразия на территории бассейна.
Среди мероприятий, которые не требуют значительных затрат и могут дать положительный результат: проведение мероприятий по недопущению аварийных ситуаций; строгое выполнение требований водного законодательства; поддержание в надлежащем техническом состоянии сооружений; выполнение технологических норм водопотребления.