Антропогенный фактор стал причиной возникновения ряда гидроэкологических проблем в бассейне Днестра. Оценивая современное гидроэкологическое состояние водных объектов реки, следует отметить, что оно чаще всего зависит от режима работы Днестровского водохранилища, которое регулирует водный сток, температурный и уровенный режимы на участках реки, расположенных ниже его плотины. Сохранить водные экосистемы, их биологический потенциал можно при условии соблюдения экологически обоснованного режима эксплуатации водохранилищ и гидроэлектростанций. При принятии решений относительно режима работы Днестровской ГЭС гидробиологические требования должны рассматриваться в комплексе с требованиями других видов водопользования, таких как энергетика, сельское хозяйство, водоснабжение населения и промышленность, а в весенний период они должны быть приоритетными.
Для Днестра остается актуальной проблема поступления в реку загрязнений и качество воды. Реакцией экосистем реки на загрязнение и увеличение биогенных веществ явилась структурная перестройка биоценозов. В наиболее загрязненных участках стали преобладать поли- и альфамезосапробные виды. Особо следует подчеркнуть неблагоприятную ситуацию в реке у городов Сорока, Одесса. На Днестре периодически возникает чрезвычайная экологическая ситуация в результате аварийных сбросов загрязнений в реку предприятиями химического, нефтеперерабатывающего производства и др. Специфической проблемой Днестра является загрязнение реки техногенными холодными водами. Инструментом решения гидроэкологических проблем реки может быть разработка и внедрение единой системы стратегического и оперативного управления водными ресурсами и гидробиологическим состоянием реки.